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細胞穿膜肽是一種能輕易穿透細胞膜的小分子多肽。這類分子,尤其是具有靶向功能的CPPs,為藥物高效傳遞到靶細胞帶來了希望。
因此,對其進行研究具有一定的生物醫學意義。本研究主要從序列層面對具有不同穿膜活性的CPPs進行研究,試圖找出影響CPPs穿膜活性的因素,以及不同活性CPPs與非穿膜肽(NonCPPs)之間的序列差異,并引入一種分析生物序列的方法。
根據CPPsite數據庫和不同文獻獲得CPPs和NonCPPs序列,并從CPPs序列中提取高、中、低穿膜活性的穿膜肽(HCPPs、MCPPs、LCPPs),構建數據集,基于這些數據集,進行了以下研究:
1、采用方差分析的方法對不同活性CPPs和NonCPPs的氨基酸和二級結構組成進行分析。研究發現,氨基酸的靜電和疏水相互作用對CPPs的穿膜活性有重要影響,螺旋結構和無規卷曲也影響CPPs的穿膜活性;
2、利用不同活性的CPPs的理化性質和長度在二維平面上進行展示,發現在某些特殊性質下,不同活性的CPPs和NonCPPs可以聚類,且HCPPs、MCPPs、LCPPs和NonCPPs被劃分為三個聚類,表現出了它們之間差異;
3、本文引入了生物序列的理化質心的概念,將組成序列的殘基作為質點,將序列抽象為質點系統進行研究。將該方法應用于CPPs的分析,通過PCA方法,將不同活性的CPPs投影到三維平面上,發現大部分CPPs聚集在一起,部分LCPPs與NonCPPs聚集在一起。
本研究對CPPs的設計和了解不同活性CPPs序列的差異具有一定的意義。此外,本文介紹的生物序列理化質心的分析方法也可用于其他生物問題的分析。同時,它們可以作為一些生物分類問題的輸入參數,在模式識別中起到一定的作用。
寫到最后:
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